肩袖关节镜手术主要的治疗内容是针对于肩袖肌腱的撕裂以及伴发的肩峰撞击综合征和滑膜炎症，手术效果比较稳定，后遗症比较少，特殊情况下有以下可能出现的后遗症：
第一、由于肩袖质量差，撕裂时间长，可能出现肩袖肌腱的不愈合或者是再次的撕裂；
第二、手术之后还残留一部分肩关节的疼痛，没有使疼痛完全消失；
第三、肩关节的活动还是有一定程度的受限，不能达到完全顺畅自如地活动；
第四、伤口感染，关节镜手术感染率是很低的，极少发展伤口感染；
第五、肩关节力量减弱，对于大的或者巨大的肩关节撕裂，手术之后即便是肌腱获得了重新愈合，肌肉的力量也是减弱的，这一点难以纠正，可以通过加强周围肌肉的锻炼来改善，进行代偿。