阴茎根部长黑色疣状物，原因比较多，常见的有以下几种：
第一、由于细菌、真菌等病原微生物的感染，造成了局部的炎性结节，需要抗菌消炎治疗。
第二、存在阴毛的毛囊炎，形成局部的黑色结节。
第三、存在尖锐湿疣等相关疾病，需要进行激光、理疗等相应的治疗措施。
第四、存在皮肤的相关病变，如脂肪瘤、神经纤维瘤、皮脂腺囊肿等等，必要的时候进行相应的药物或者手术处理。如果存在泌尿生殖系统相关疾病，建议到当地正规医院进行详细的检查和处理。