治疗生殖器疱疹的药物主要是内服外用的抗病毒药物，生殖器疱疹本身是由单纯疱疹病毒感染引起的一种性传播疾病，所以抗疱疹病毒治疗有效，包括内服的阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦等核苷类抗疱疹病毒的药物，都能有效地抑制单纯疱疹病毒的复制和对组织的破坏，使生殖器疱疹的症状能在短期内得到控制和消退。
但是这不能做到防止疱疹复发，局部还可以外用抗病毒药物，比如阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏、干扰素凝胶、酞丁安搽剂等。如果是局部的疱疹已经有糜烂、破溃，还可以使用夫西地酸、莫匹罗星软膏等预防感染。对反复发作的生殖器疱疹，也可以适当加用免疫调节药物，包括胸腺肽、转移因子、左旋咪唑等，有可能会使生殖器疱疹发作的频率降低。