核磁共振在临床工作中的作用比较重要，可以帮助临床在很多神经系统疾病上做出更明确的鉴别、诊断。因为核磁共振对软组织分辨率更高，因此在应用于软组织结构上面的观察可以看的更清楚。
同时，核磁共振对神经系统的显示效果也比较好，用在中枢神经系统上面的疾病可以有更好的效果。核磁共振是一种无辐射、无创伤的检查项目，对于临床中很多担心电离辐射的病人可以选择用核磁共振检查替代。