部分支原体感染容易复发，比较容易复发的是泌尿生殖道感染的支原体，如生殖支原体、解脲支原体、人型支原体等，引起泌尿生殖系统的炎症，如果治疗不及时或者治疗疗程不够，过早停药，有些患者可以导致病程迁延或者反复发作。
对于肺炎支原体引起的呼吸道的感染，一般不太容易复发，轻的呼吸道支原体感染通常是一种自限性的疾病，不应用抗菌药物治疗，有些患者也可以自愈。相对病情比较重的呼吸道的支原体感染，一般需要应用抗菌药物来治疗，但治疗后绝大多数情况下肺炎支原体一般很少复发。所以支原体如果引起的是泌尿生殖系统的感染，这种情况应该应用足够的疗程，如果过早停药就可能导致复发。