肛周脓肿不一定会产生肛瘘，但是大部分肛周脓肿如果不做手术，则会形成肛瘘。据不完全统计，有60%-70%的肛周脓肿患者，在破溃之后有可能形成肛瘘。如果有肛周脓肿应该尽早手术治疗，既能减少痛苦，也能避免形成肛瘘。
不形成肛瘘的脓肿，主要是低位脓肿，比如肛门皮下周围的低位脓肿，破了之后产生肛瘘的几率比较低。如果是位置比较深的肛周脓肿，比如侵犯的间隙在坐骨直肠窝或者骨盆直肠窝，这样的脓肿破溃了之后很容易形成肛瘘。即便仅仅做了肛周脓肿的引流手术，不切除内口，也可能形成肛瘘。