颌骨囊肿分为感染性的囊肿，比方临床常见的根端囊肿，根端囊肿是由于牙髓神经发生感染、坏死，感染的物质通过根尖孔逐渐渗透到颌骨，引起的根尖区域颌骨的炎症性破坏，形成了囊肿。颌骨囊肿还有一部分是发育性的囊肿，包括鼻唇囊肿、切牙管囊肿等。这是由于在颌骨发育过程中，一些上皮组织被迷走到颌骨内，后来逐渐发育成囊性的病变。还有一类颌骨囊肿，它的发生是与牙齿的发育有关。在牙齿形成的过程中，各种参与牙齿发育的细胞，在牙齿形成以后应该正常的退化，如果这些细胞没有退化而遗留在颌骨内，就可能会发生囊肿，称为牙源性的颌骨囊肿。