衣原体尿路感染最常见的是下尿路感染，也就是非淋菌性尿道炎。这种情况主要的用药是抗生素，通常推荐应用的是多西环素、阿奇霉素和左氧氟沙星，患者可以在医师指导下进行用药。
衣原体引起的尿路感染，患者主要临床表现是尿道刺痛感以及少量的脓性分泌物，二者可以同时出现，或者仅出现一种。对于衣原体尿路感染，要求早期发现、早期治疗，避免疾病慢性化。通过治疗以后，如果脓性分泌物消失，患者症状缓解，以及尿液澄清、尿检白细胞正常、病原微生物培养为阴性，则考虑为治愈。同时衣原体的尿路感染存在有性传播的风险，因此要求性伴侣同时进行检查和治疗。