男性疱疹的治疗方法主要是抗病毒治疗，其中口服的药物有阿昔洛韦片、泛昔洛韦片、伐昔洛韦片、干扰素等，还可以局部使用阿昔洛韦软膏、西多福软膏、喷昔洛韦乳膏等。局部的皮损如果出现了细菌感染，可以选择聚维酮碘溶液外用，来消毒治疗。
由于疱疹病毒会通过性接触来传播，所以在发病期间要禁止性接触，避免病毒交叉感染。由于疱疹也是一种容易复发的疾病，所以疱疹痊愈后也要注意休息，规律的生活，调整自身的免疫能力，减少疱疹复发的几率。