HIV初筛阴性也会出现误诊，最主要的是因为检查时间过早。如果过早的进行检测，HIV抗体产生的量还不足以被检测试剂所捕捉，所以检测时可能会是阴性的结果。随着时间的延长，抗体产生的量逐渐增多，可以被检测试剂所捕捉时，检测结果就会是阳性。
由于个体差异以及感染HIV病毒数量的不同，产生HIV抗体阳性的时间也不同，所以不建议窗口期时进行HIV抗体检测进行排查。对于高危接触之后HIV抗体检出率，在第一周时是22%，第二周是53%，第三周是84%，第六周是99%，所以建议HIV初筛在HIV病毒感染或者高危情况的第六周进行检测，阳性率会更高。