幽门螺杆菌的根除治疗，第一次失败后则需要进行第二次的根除治疗。第二次根除治疗时需要换用其他的抗生素，并且增加患者的依从性。幽门螺杆菌治疗失败的患者多存在两种情况，主要是耐药和依从性差。由于抗生素的广泛应用，幽门螺杆菌对很多药物产生耐药，其中甲硝唑和克拉霉素的耐药率最高，对甲硝唑的耐药率高达90%，对呋喃唑酮的耐药率各地差异比较大，对阿莫西林和四环素的耐药率总体上比较低，可以试用这两种药物。另外是患者的依从性差，存在随便停药、间断服药、不按时完成疗程、随意减少剂量等情况。