牙根发黑主要有以下几个原因：
第一个是我们刷牙方法不正确，口腔滞留的食物没有得到及时的清除，牙菌斑的积累，时间长了牙齿长出了结石，慢慢就会导致牙齿逐渐龋坏，着色变黑；
第二个方面是牙齿本身的结构造成的，可能有些人因为服用某些药物，如四环素，或者是当地的水源含氟比较高造成的氟斑牙，从而引起牙齿颜色的变黑；
第三方面是由于我们长期服用咖啡、红酒、吸烟、喝中药、可乐这些有色素的物质，导致了牙齿、茶渍、烟斑、色素的附着，从而导致了牙齿的染色；
还有一部分是我们牙根部位的牙齿龋坏，牙齿细菌感染之后导致的细菌的增生，导致颜色的改变。