肺结核痰培养阴性，可能见于多种情况，有跟肺结核疾病本身有关的因素，也有可能跟患者有关的因素。跟患者有关的因素，比如留痰的标本不是规范、合格的标本，跟结核病有关的因素，可能相对要复杂。
有一种情况，比如肺结核痰培养是阴性，如果患者既往有明确的肺结核症状和体征，痰培养阳性。经过积极正规的治疗以后，连续多次痰培养或者痰涂片阴性，这种情况是一种治疗有效的情况，是一个好转的信号。另外，还有一部分病人，痰培养阴性，是活动性肺结核患者，有时候称为菌阴肺结核。一般来说，菌阴肺结核是指至少三次痰涂片以及一次痰培养，阴性的活动性肺结核。