咽峡疱疹的症状有全身症状和局部症状，全身症状，该病起病比较快，常会有突然的发烧、咽部疼痛。
一般为低烧，部分患儿可出现高热，严重者可高达40℃以上，甚至出现惊厥，发热可以持续2-4天。
嗓子疼比较明显，严重者可以影响吞咽。如果是婴幼儿，可因为口腔疼痛表现出拒食、哭闹等症状。
局部的症状有口腔咽峡部疱疹，初起表现为咽部充血，进而咽峡部的黏膜上出现散在的灰白色疱疹，直径2-4mm，数目多少不等，疱疹周围红肿，1-2天后疱疹破溃，形成溃疡。
疱疹也可出现在口腔的其它部位，伴随的症状可伴有咳嗽、流涕、呕吐、腹泻等。