脑炎治疗时间跟致病病原种类、严重程度相关。如果是常见病毒感染，单纯疱疹病毒感染的病毒性脑炎，通常的疗程是两周到二十一天。
脑炎治疗需要通过复查腰穿，看脑脊液中白细胞减少的情况来决定疗程长短。细菌性脑膜炎也如此，使用对病原菌有针对性的抗生素，两周之后要复查腰穿，根据腰穿脑脊液白细胞的数量来决定是否延长抗生素的治疗。对于隐球菌感染的脑炎，治疗疗程要比较长，除了静脉使用抗真菌药物之外，甚至还要鞘内注射，疗程可能会长达一到两个月。不同病原菌所致脑炎，治疗时间长短不一样，需查明病因针对治疗。
建议患者适度增加体育锻炼，提高免疫力，有助于增加抗病能力。需要注意保证居住环境清洁、干燥，避免潮湿阴暗，同时远离蚊虫叮咬，预防感冒等。