小脑扁桃体下疝手术的做法，有的比较简单，有的比较复杂，主要是要根据患者当时的具体病情进行具体的看待。在实际的临床操作当中，绝大多数的情况都相对比较简单，主要是为了改变枕骨大孔畸形的问题。
当患者处于枕骨大孔畸形时，很容易引起小脑扁桃体下疝，所以手术的做法就是：患者全身麻醉满意之后，俯卧在手术床上，通过颈后部的正中切口切开皮肤，分离周围的组织、筋膜，而且一定要注意，这里边有一个静脉丛，一定要在分离的过程当中细致操作，避免静脉丛的损伤。
可以看到枕骨后，应用颅骨钻和铣刀将枕骨进行相应的祛除，有的地方还需要去除寰椎，能够相对比较明显的减轻骨质的压迫。应用相应的缝线，将小脑扁桃体下疝畸形进行适当的修补，基本上手术的大部分步骤就可以做完。
如果后期患者的颈椎稳定性不佳，可以应用钉棒系统进行相应的固定。后期则进一步缝合头皮等相应的操作，基本上手术就完全结束。