疱疹性咽炎的主要病因是病毒感染，主要的病原体为柯萨奇病毒，病毒通过消化道或者呼吸道侵入身体引起疾病的发生。
病毒主要通过鼻腔、咽腔、口腔侵入呼吸道以及消化道局部黏膜，在黏膜上皮以及咽部或者肠道淋巴组织停留并且复制，然后释放入血液，引起相应组织和器官发生一系列炎症反应。
诱发因素里有免疫力低下，婴幼儿非常容易受病毒感染，引发疾病，接触到病毒污染的手、物品与隐性感染者密切接触，也可以引起感染。