扁桃体结石的形成病因主要有三种：
一、细菌感染。食物残渣容易导致细菌，在细菌的作用下它们会慢慢腐烂、变硬，在扁桃体隐窝处形成结石。
二、药物因素。高血压药物、止痛药物和抗抑郁等处方药物，也可以造成扁桃体结石，因为这些药物产生的副作用会使口腔发干，意味着扁桃体没有充足的唾液把食物和细菌冲走，当钙化食品、黏液和细菌形成的结块状物质残留在扁桃体隐窝处，就会形成扁桃体结石。
三、年龄。成人扁桃体更大，扁桃体表面凹凸不平，随着扁桃体生长这些凹凸不平处会变得更大，使食物更容易残留在里面形成结石。