出现口腔溃疡时，多采用局部用药以促进溃疡的愈合，可以选择的药物有口腔溃疡散、醋酸地塞米松粘贴片、桂林西瓜霜、口腔炎喷雾剂，康复新液、曲安奈德软膏等药物。
口腔溃疡患者多由于营养不均衡，体内维生素和微量元素缺乏所致，可以服用维生素B片、维生素C片，以及补铁和补锌的制剂。体内胃火、肝火上升也会造成口腔溃疡，患者可以根据自身的症状服用清热去火的药物，如板蓝根颗粒、牛黄上清丸、牛黄解毒片、清火栀麦片等。
如果由于口内患有牙髓炎、根尖周炎、智齿冠周炎等炎症，由于炎症因子增多导致患者出现溃疡，可以服用抗生素以消炎，比如头孢丙烯胶囊、阿莫西林胶囊、甲硝唑片，同时患者还应积极治疗牙齿疾患。