急性感染性心内膜炎的致病菌常来自患者的皮肤、肌肉、骨骼、肺等活动性感染灶的化脓性细菌，多数是毒力比较强的病原体，其中金黄色葡萄球菌几乎占了一半以上，少数是由肺炎球菌、A族链球菌、流感杆菌引起，近年来金黄色葡萄球菌、肠球菌、表皮葡萄球菌、革兰氏阴性菌、真菌感染的比例明显升高。
急性感染性心内膜炎通常累及正常的心瓣膜，尤其是见于长时间经静脉输液、静脉治疗、静脉注射成瘾的患者，还有免疫功能障碍、接受创伤性检查和介入性治疗的患者。