由于鼻咽部与颅底关系密切，所以在进行鼻咽部的CT检查时一般会包括颅底，而且要同时选用软组织窗和骨窗，用于了解颅底骨和其他骨结构的情况，检查的断面以横断面为基本，需要的时候可以做冠状面的扫描。
横断面扫描时以听眦线垂直台面为准，先摄取头颈部的侧位定位片，常规范围从蝶骨平板平面开始，向下至硬腭平面，对鼻咽癌要了解颈部淋巴结的情况，也可以向下连续扫描至舌骨平面。做冠状面扫描时，使听眦线尽量与台面平行，扫描范围从翼板前缘至第一颈椎前缘。