当透明细胞肉瘤处在早期阶段，最好的处理办法是进行根治性手术切除。在手术切除之后，进行必要的辅助化疗加必要的辅助放疗。通过综合的治疗手段，透明细胞肉瘤早期的病人可以获得生命的延长和疾病的控制。
如果透明细胞肉瘤发现的比较晚，在发现的时候就已经伴有多发的淋巴结转移，或者已经伴有远处器官转移，就属于透明细胞肉瘤的晚期阶段。只能采用化疗或者靶向药物治疗等手段，进行综合处理，从而起到控制病情，减轻病人的症状，提高生活质量，延长生存期的功能。