肾囊肿体积增大，当大于5×5cm时可引起包膜张力增加，引起腰部胀痛，这时需要进行囊肿穿刺抽液、无水乙醇硬化术或肾囊肿去顶减压术改善症状。
肾囊肿的患者易形成结石、感染，引起血尿、发热、腰痛、尿频、尿急、尿痛，这时要积极抗感染治疗。
肾囊肿是肾小管憩室形成，随着年龄的增长形成多发性肾囊肿，此时要与多囊肾进行鉴别。
多囊肾是一种遗传性疾病，多有家族史，可引起血尿、高血压、肾功能下降，预后不佳，无特殊药物治疗，主要是控制、减少蛋白尿，防止多囊肾发生感染。
一旦出现肾功能下降就呈慢性、进行性进展，直至肾衰竭的终末期，即尿毒症期，出现尿毒症的症状时要进行肾脏替代治疗、血液透析或腹膜透析治疗。