酮康唑软膏治疗龟头炎基本上没有副作用，如果持续的治疗时间比较长，可能会有酮康唑的药物吸收，引起肝功能的异常。所以一般建议治疗的时间不能超过三周，如果超过三周以后龟头炎还是没有好，就需要考虑可能是由于治疗方法不对，或者是其他的一些原因导致的龟头炎，需要更换药物治疗，并且在使用酮康唑软膏治疗期间，每周应该定期监测肝功能，如果肝功能出现异常就应该马上停药。
目前酮康唑软膏只是针对霉菌性龟头炎有效果，对于细菌感染引起的龟头炎是没有任何的治疗效果。所以龟头炎在具体选择药物治疗之前，还是应该进一步的检查龟头分泌物的病原学检查，搞清楚具体致病微生物的种类以后再选择药物比较稳妥。