临床上对于肠炎患者的治疗，一般不提倡吃巧克力，甚至可以说尽量避免吃巧克力。因为肠炎是一种症状，引起肠炎的病因可以是进食不洁食物以后引起的细菌性肠炎，也可以是自身免疫性肠病，比如克罗恩肠病、溃疡结肠炎所引起的肠炎，甚至结核也可以引起肠炎症状。总而言之，是多种原因引起肠道菌群失调，甚至肠管黏膜的病变。
饮食上对各种原因引起肠炎，通常提倡清淡软食，避免进食过于油腻、辛辣、刺激性食物，巧克力其中含有大量的咖啡因，进食以后可以引起肠道的刺激症状，甚至引起肠炎症状加重，所以无论是何种原因引起的肠炎，对于肠炎患者一般不提倡吃巧克力，甚至避免吃巧克力，以免加重肠炎的症状。