长期配戴肛塞存在一定的危害性，首先长期配戴肛塞会导致肛门长时间无法完全闭锁，时间持续过长，肛门内外括约肌会容易出现收缩无力等症状，形成括约肌松弛，肛塞取下后可能会导致肛管直肠内黏液不受控制地流出体外，反复刺激肛周皮肤，进一步引起肛门局部潮湿、感染，甚至导致肛周湿疹和脓肿。
再者，肛塞会反复刺激肛管乃至直肠部位的表面皮肤和黏膜，加之粪便的污染，可能造成直肠、肛管内壁的感染，引起肛门疼痛、瘙痒、红肿等症状，甚至可能会导致直肠、肛管部位炎症，建议医用肛塞应在药物吸收后及时取出，并注意肛周的清洁卫生。