移植囊胚以后肚子隐隐作痛，可以经过下面两方面的处理：
第一、在医生的观察下，是否应该加用促进子宫安静的药物，比如黄体酮，或者用让子宫平滑肌舒张的特异性药物，比如阿托西班或者斯帕丰等平滑肌解痉的药物。
第二、移植以后的女性朋友要尽量保持休息，避免剧烈运动或者太过刺激性的食物，以免引起肠胃不适，或者下腹部隐隐不适。
因此，移植囊胚以后肚子隐隐作痛，要根据具体的情况来对待。当然这种隐隐作痛持续几天的时间会好转，女性朋友们不必过于担心。