肾囊肿的治愈概率非常低，几乎不可能自愈，因为由于肾小管某一部分已经梗阻，逐渐形成的液体积聚而形成囊性病变，属于慢性长期发展的过程，所以其自愈概率极低，但是不能够自愈，并不代表这个疾病一定会进展。
部分囊肿发展到一定的程度也就不再进行变化了，而且囊肿绝大多数为良性病变，囊肿比较小时，症状也不是很明显，对患者的影响也不大，只有当囊肿比较大时，可能还会出现腰酸、腰痛、腰胀不适等表现。
这时对肾脏功能也有一定的影响，这时需要进行积极的治疗，如去顶减压手术，但以前还有穿刺抽囊液或者打无水酒精的方法，目前较少使用，其复发率较高且并发症较多。