临床上，乙肝小三阳如果导致肝硬化，其发生肝癌的发生率大大增加，一般为3%-6%，也就是说100个人当中有3-6个小三阳患者会发生肝癌。小三阳发生肝癌的危险因素，包括年龄比较大、男性患者，或谷丙转氨酶持续升高，乙肝病毒DNA大于2000U/ml，基因型为C型，如果同时合并感染丙型肝炎、丁型肝炎和艾滋病毒、梅毒，也是发生肝癌的重要危险因素之一。
当乙肝小三阳患者饮酒和有肥胖病时，患肝癌的危险因素比其他患者高5-8倍。所以，乙肝小三阳变肝癌的几率比较高。