导致气管炎致病微生物的不同，用的药也是不同的。如果患者是因为细菌感染而导致的气管炎，在头孢、青霉素不过敏时，可以选择头孢克肟、头孢呋辛、头孢克洛、青霉素v钾片等等。如果患者头孢、青霉素过敏，可以选择阿奇霉素、红霉素、左氧氟沙星、莫西沙星等等。
如果患者是因为非典型致病菌而引起的气管炎，可以使用大环内酯类的阿奇霉素、红霉素、罗红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星等等，此时口服头孢、青霉素是无效的。如果患者是因为病毒感染而引起的气管炎，使用抗生素是无效的。