肾结石形成的因素非常复杂，其中确实包括遗传因素。通常常见的代谢因素，包括高钙血症、高钙尿症、高草酸尿症、高尿酸尿症、胱氨酸尿症、低枸橼酸尿症、低镁尿症等。
还有一些与遗传相关的疾病，也容易导致肾结石，比如甲状腺旁腺功能亢进症、结节病、恶性肿瘤、皮质醇症、制动综合征、远端肾小管酸中毒、焦磷酸-磷酸核糖合成酶亢进、焦磷酸-磷酸核糖酰胺转移酶缺乏、次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶缺乏，以及海绵肾畸形、肾钙质沉积症、肉芽肿病、肾小管酸中毒等，以上这些遗传病也时常容易导致肾结石。