轻度的过敏性结膜炎，患者脱离致敏原后可以自愈，但是大多数过敏性结膜炎很难自愈，容易反复发作。过敏性结膜炎往往会和过敏性鼻炎、支气管哮喘同时出现。得了过敏性结膜炎，一般通过药物治疗可以控制。但是患者下次碰到相同过敏原的时候，又会反复发作，所以治疗过敏性结膜炎的关键是要寻找病因，尽量减少接触引起过敏的物质。
不同类型的过敏性结膜炎，病程也不相同，例如春季卡他性过敏性结膜炎，常见于儿童和青少年，一般持续5-8年，或青春期以后可以自愈。对于季节性过敏性结膜炎的患者，每到春季或秋季发病，过了这个季节之后，疾病也可以自愈，但是第二年还会复发。