指甲缝的疼痛常见的有以下几种原因：
第一、最常见的就是甲沟炎，就是在指甲缝的部位出现了细菌的感染，以葡萄球菌、链球菌为主，它是由细菌感染引起来的，表现就是局部除了有疼痛以外还会有红、肿，甚至有的人还能会从中挤出脓液，治疗就是抗细菌的治疗。
第二、修指甲修得太短了，在指缝的部位剪的太秃导致局部出现疼痛，因为它缺少了指甲的保护。
第三、与接触洗涤剂、去污剂或者消毒剂有关系，由于去污剂液、消毒剂的使用，使得皮肤的油脂严重缺乏，皮肤太干了，干了以后就会形成小的裂隙、裂口，也会导致指甲缝的疼痛。
第四、少见的是真菌感染引起来的甲沟炎，由于真菌的感染导致指甲出现感染以后增厚、变色或者使指甲变脆了，真菌感染的时间久了以后，也可以导致甲周的组织出现炎症、出现疼痛。