患者在尖锐湿疣初期不严重时，可以在家自行治疗，主要是应用咪喹莫特乳膏进行局部药物治疗，疗效不佳时可以考虑联合治疗，主要是药物治疗和物理治疗联合。物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗和微波治疗等。
治疗的目的是尽早清除肉眼可见的疣体，改善可能有的症状，减少复发，改善精神压力，还有美观需求。大多数的患者治疗之后，皮损可以改善或者消退，治疗可能会减少人乳头瘤病毒感染，但很可能不会根除感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣可能自行消退，可能保持不变，也可能增多或增大。