脊索瘤是起源于硬膜外胚胎脊索的残余组织，病理学上是良性的肿瘤，但临床行为学上的表现是一个进展性的，可以逐渐侵袭，也有一定转移能力。
手术是治疗脊索瘤最主要的方法，因为完全切除肿瘤是影响预后的最主要的因素，但是脊索瘤由于跟周围的颅底和骶骨关系密切，所以在很多情况下很难做到手术完整切除。
所以其他治疗方式对残留的肿瘤都有效，目前新的方法包括放疗和靶向药物治疗，靶向药物治疗的目前效果仍然有限，但放疗让我们看到一些希望，特别是质子放疗，目前国内外的研究在质子放疗治疗脊索瘤的效果，还是比较好的。
优点就是能够有效避免射线对脊柱、脊髓和脑主要功能区的照射，而且在进入皮肤的时候也没有太多的剂量损失。