人体的免疫系统有三大基本功能，即免疫防御、免疫监视、免疫自稳。
免疫防御是为了防止外界病原体的入侵，及清除已入侵病原体及其他有害物质。异常免疫功能过低或缺乏，而引起免疫缺陷病，或者因为应答过强，或持续时间太长，在消除病原体的同时，也会导致机体损伤或功能异常，发生超敏反应。
免疫监视，免疫监视功能是可以随时发现和清除体内出现的非自身成分，如肿瘤细胞及衰老死亡的细胞。免疫监视功能低下可以导致肿瘤发生和持续性的病毒感染。
免疫自稳功能通过免疫耐受和免疫调节两种机制，来维持免疫系统内环境的稳定，保证免疫功能的正常的进行。当免疫耐受被打破，免疫调节功能紊乱，会导致自身免疫病和过敏性疾病的发生。