肠道息肉，根据其性状不同，治疗手段也是不同的。如果息肉较小，在2cm以内或者基底较浅，并且有较长的蒂时，大多数情况可以在电子肠镜下进行息肉的切除手术。肠镜切除息肉，主要问题是出现穿孔或出血。在手术之后的24小时，如果患者没有异常的腹痛或者是明显的便血，说明手术是安全且成功的。
如果息肉较大或者基底较广时，肠镜不能很好的切除息肉。这种情况需要进行开刀或者是腹腔镜的办法，进行局部肠管切除，连同其中的息肉一同送病理活检来判断息肉的性质，根据息肉的性质决定是否需要进一步的治疗。肠道息肉有些是可以癌变的，因此对于适合的年龄，定期的肠镜检查是发现息肉，以及发现早期肠道肿瘤的重要手段。