真菌性角膜炎的治疗需要明确的诊断，并且应用比较敏感的药物，长期的进行一段治疗。要在实验室确定到底是哪一种真菌的感染，目前实验室的诊断的手段比较多，所以大多数的患者还是可以培养出真菌来确定到底是属于哪一种病原菌，这样可以针对病原菌来用药，这样是最好的。
用药要分局部的用药和全身的抗真菌用药，局部是抗真菌的眼药水和抗真菌的药膏两种制剂，对于特定的真菌感染，倾向于首选药物治疗，比如是丝状的菌属首选那他霉素，如果是酵母菌属选择二性霉素B或者是氟康唑这类的眼药水来进行用药。