肛门脓肿破了以后有时候可以自愈，如果是肛瘘引起的肛周脓肿，便很难自行愈合。有时候肛周脓肿是发生于局部表浅软组织的肛周感染，对于这种感染只要肛周脓肿发生破溃，脓性分泌物及时的排出，再配合应用一些抗生素使用，大多数的脓肿是可以自愈的。
如果肛周脓肿的出现和肛瘘等肛周感染性疾病相关，这样肛周脓肿会呈现反复发作，迁延不愈的状态。只有将肛瘘彻底切开，使新生的肉芽组织，由内向外的生成，才能使肛瘘愈合，因此肛瘘引起的肛门脓肿才能彻底的痊愈。