肛瘘的检查包括视诊，可以在肛周皮肤见到外口颜色灰白，有时可见脓性物覆盖，挤压外口可有脓性分泌物或者血性分泌物溢出。触诊发现在外口与肛门之间，可以触诊到条索状物通向肛门内。直肠指诊可以发现内口，如果是外口在前方的肛瘘，内口多位于外口对应的齿线部位，如果是位于后方的肛瘘，内口多位于齿线6点的位置，可以触诊到局部凹陷、硬结，既可以明确诊断。对于诊断不明确的病例，可以做B超检查或核磁共振检查，可以发现瘘管以及内口所处的位置。肛瘘明确诊断后需要手术治疗，可以行肛瘘切开挂线术或者是微创手术治疗。