水解奶粉与普通奶粉所用原料一样，区别在于其中所含乳蛋白分子量大小。水解奶粉是将其中婴儿难以吸收的大分子蛋白，用特殊的工艺切割、分解成小分子蛋白，更适合于婴儿尚未发育成熟的消化道。根据蛋白水解的程度，水解奶粉又分为适度水解奶粉、深度水解奶粉与纯氨基酸奶粉。水解后的奶粉更易于婴儿消化、吸收，能有效改善婴儿胃肠功能弱的症状。
如对奶粉中大分子蛋白的消化、吸收障碍，甚至对牛奶蛋白过敏而引起的胃肠道不适症状，比如吐奶、腹胀、便秘、腹泻、肠痉挛、肠绞痛等。但水解奶粉较普通奶粉营养略低而且价格昂贵，仅用于六个月内的婴儿或者特殊过敏体质的婴儿。随着婴儿的月龄增大，消化功能逐渐完善，即可更换为普通奶粉。