巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，其原因很多，比如遗传、空气、食品等因素，很多是经血倒流的学说、上皮化生的血说。所以，到底是什么造成的并没有确切说法，病因不是特别清楚。
我们要注意少做宫腔操作，使经血倒流减少是控制病因的方法之一。当然，有的病人因为经期有性生活或者过度运动，有时也可能造成巧克力囊肿的形成。但是到目前为止，真正的巧克力囊肿的病因并不是特别确切。