细菌性阴道炎是由于阴道内菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他的微生物大量繁殖，主要是以加德纳菌等厌氧菌生长为主。这种病可能和多个性伴侣频繁性交，以及阴道灌洗等使阴道碱化有关，所以细菌性阴道炎治疗期间，多数不建议行阴道灌洗。治疗的药物是以抗厌氧菌药物为主，主要有甲硝唑、克林霉素。
甲硝唑抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸杆菌的生长，是比较理想的治疗药物，用法包括口服用药和局部用药。口服用药甲硝唑片或者克林霉素，疗程为一周左右，而局部用药有克林霉素软膏和甲硝唑凝胶、甲硝唑泡腾片，疗程为7-14天。局部用药与口服用药疗效相似，治愈率均可以达到80%左右，不建议常规行阴道灌洗，并且性伴侣也不需要常规治疗，多数患者经过规范的治疗以后症状消失，不需要进行常规的随访。