导致胎儿畸形的主要原因是女性在备孕期间长时间的接触放射线、感染，以及服用化学药物、男性的精子质量差导致。
女性在备孕期间要避免接触辐射、放射线，尽量不要服用任何药物，更加不要没有经过医生的指导下在备孕期间胡乱服用药物，容易导致胎儿出现畸形。
男性需要在备孕期间避免不良嗜好，保证精子质量，例如吸烟、喝酒等，男性要在备孕前检查精子质量是否存在畸形，精子畸形也会导致胎儿出现畸形。
胎儿畸形除了父母的原因，还可能会因为胎儿的染色体出现异常，染色异常是因为受精卵形成时染色体重组过程中随机发生的，没有遗传性，下一胎可能会正常。