肠炎主要的临床表现包括腹痛、腹泻、恶心、呕吐，有时还会伴有黏液、脓血便。
其腹泻的程度轻重不一，比较轻者每天排便3-4次，也可以出现腹泻、便秘交替的情况，严重者可以每小时腹泻一次，甚至出现大便失禁的情况。
如果直肠受累，可以出现里急后重感，粪质多呈现糊状，患有大量的黏液，常带有脓血。有的患者还会出现大便鲜血，其病变局限于直肠称为出血性直肠炎，常被误诊为是痔疮。