肛周脓肿属于感染类疾病，针对于感染性疾病，口服抗生素，比如头孢等是没有问题的。但是单纯依靠抗生素进行全身治疗，往往不能达到很好的治疗效果。
肛周脓肿类疾病在临床上常常会给予病人进行切开引流，其目的是要将脓腔内的脓性分泌物尽量排出，并且清除里面的坏死组织。如果伴有肛周的其它疾病还要进行一定的治疗，比如肛瘘、肛裂等。
此目的就是要将肛周脓肿的伤口保持清洁，这样才能有利于伤口的愈合，因此肛周脓肿的治疗是一个综合治疗，单纯吃头孢往往不能起到很好的治疗效果。