针对新型冠状病毒肺炎的密切接触者，以及中高风险地区的全员筛查，目前都是通过新型冠状病毒核酸检测进行筛查。新型冠状病毒核酸检测采取PCR扩增的技术，对鼻、咽拭子，痰液、下呼吸道分泌物、血液、粪便、尿液等标本进行新型冠状病毒的检测，核酸检测灵敏度高。
目前核酸检测大多数都是用咽拭子作为标本进行核酸检测，因为咽拭子采集比较方便，但实际上痰或者是下呼吸道抽取物，作为标本检测新型冠状病毒核酸检测更加准确。另外，核酸检测有时可能会受到病程、标本采集或者是检测试剂的影响，为了提高核酸检测的阳性率，标本采集时应该规范采集，标本采集之后尽快送检。