肛周脓肿是常见的肛周感染性疾病，有时候肛周脓肿仅仅位于肛周的皮肤表层，经过切开或者是引流，将脓肿的一些炎性分泌物尽可能排出并配合应用抗生素，大多可以得到很快的痊愈。
有时候肛周脓肿是由肛瘘造成的，肛瘘会在肛门外出现反复发作、反复愈合的肛周脓肿，而且在脓肿表面容易形成不愈合的窦道。窦道和直肠或肛管相通，直肠内可能有一个甚至是多个内口和这个外口相连。在治疗这类肛瘘的时候，只有将肛瘘彻底切开，使新生的肉芽组织由内而外的生长，才能彻底治愈肛周脓肿这一严重的肛周感染性疾病。