肝内胆管结石可能发生的并发症包含急性的胆道感染、肝脓肿、肝萎缩、胆汁性的肝硬化，甚至肝内胆管癌。肝内胆管结石容易引起肝内的感染，出现寒战、高热等急性胆管炎的症状，感染严重的情况下，有可能会导致局部的肝脏出现坏死，从而形成肝脓肿。
长期的肝内胆管结石合并感染，将会导致局部的肝脏出现萎缩，全肝内的结石将会导致整体肝脏出现萎缩，萎缩严重的情况下还会合并出现胆汁性的肝硬化。肝硬化严重的情况下会合并出现门脉高压、食管-胃底静脉曲张，破裂的情况下会出现呕血、便血以及低白蛋白血症、大量的腹水、脾肿大、脾功能亢进。长期慢性的肝内胆管结石、肝内胆管炎症，有可能会导致胆管上皮细胞出现突变，从而生长为肝内胆管癌，影响生存时间。