四神丸属于中成药，上市后的不良反应报告显示，此药在医生的指导下辨证合理使用还比较安全，副作用较少。患者大都耐受性良好，服药过程中偶见患者出现恶心、头晕、胃烧灼感、身热、尿黄等不良反应，饭后服用会降低胃肠道不良反应的发生率。
罕见患者出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。四神丸是由肉豆蔻、补骨脂、五味子、吴茱萸、大枣组成，药性偏于温热。如果没有对症使用或者过量使用，会增加不良反应发生的频率和程度，给身体造成伤害，故不可擅自用药，请遵医嘱用药。如正在服用其它药物，为防止药物相互作用影响治疗，请就诊时告知医生。